MOTOR PRINCIPAL RECOMENDADO

Motor pedtools — Heredogramas Clínicos

O motor pedtools é o padrão moderno do Joaju para produção de árvores genealógicas clínicas em conformidade com as diretrizes da National Society of Genetic Counselors (NSGC). Ele implementa auto-dimensionamento vertical proporcional ao número de gerações, representação de heterozigotos divididos ao meio (half-fill), probanda com folga geométrica e legendas em polegadas físicas.

Dica de Uso: Utilize blocos com delimitador ```pedtools em suas notas Markdown no Obsidian. O Joaju compilará o gráfico vetorial SVG e o incluirá no PDF Typst automaticamente.

📋 Estrutura da Tabela de Entrada (CSV)

Coluna	Sinônimos	Obrigatória	Descrição
`id`	-	Sim	Identificador unívoco do indivíduo (número ou código textual).
`pai`	`fid`, `dadid`	Sim	ID do pai biológico (`0` ou vazio para fundadores).
`mae`	`mid`, `momid`	Sim	ID da mãe biológica (`0` ou vazio para fundadores).
`sex`	`sexo`	Sim	Sexo: `M`/`1` (Macho, quadrado), `F`/`2` (Fêmea, círculo), `3`/`?` (Losango).
`fenotipo`	`aff`, `affected`	Não	Condição clínica: `wt` (vazado), `het`/`carrier` (dividido ao meio), `afetado`/`hom` (sólido), `?`/`suspeita` (interrogação).
`proband`	`probanda`	Não	`1` ou `sim` para desenhar a seta diagnóstica ↗ P apontando para o canto inferior esquerdo com respiro.
`label`	`rotulo`	Não	Texto exibido abaixo do símbolo. Quebra em duas linhas automaticamente ao encontrar colchetes (ex.: `II-1 [Azul bb]`).
`status`	`falecido`	Não	`1` ou `falecido` para adicionar a barra diagonal de óbito.

⚙️ Diretivas de Configuração (%%)

Diretivas iniciadas por %% na primeira linha do bloco controlam o layout e são repassadas diretamente ao motor R:

Diretiva / Parâmetro	Tipo	Padrão	Descrição
`layout.width` / `width`	String	`85%`	Largura relativa do heredograma no PDF gerado.
`layout.max_width` / `max-width`	String	`720pt`	Largura máxima em pontos para não extrapolar a mancha da página.
`cex`	Numérico	`0.85`	Fator de escala da fonte dos rótulos sob cada nó da árvore.
`symbolsize`	Numérico	`1.3`	Fator de escala do tamanho dos quadrados, círculos e losangos.
`foldLabs`	Booleano	`FALSE`	Quebra automática de rótulos do pedtools (desativada para preservar quebra manual do Joaju).
`plot_width`	Numérico	Auto	Largura forçada do SVG em polegadas (sobrescreve auto-cálculo de colunas).
`plot_height`	Numérico	Auto	Altura forçada do SVG em polegadas (sobrescreve proporção vertical por gerações).
`margins`	Vetor	`c(9.0, 0.8, 0.8, 0.8)`	Margens em linhas de texto no R (inferior acomoda a legenda).
`legend`	Vetor R	`NULL`	Lista de rótulos da legenda inferior: `c("Item 1", "Item 2")`.
`legend.type`	Vetor R	`NULL`	Tipos dos símbolos da legenda: `sq_empty`, `circ_empty`, `sq_half`, `circ_half`, `sq_solid`, `circ_solid`, `suspect`, `proband`.
`src` / `file`	String	-	Carrega os dados genealógicos a partir de um arquivo CSV anexo.

🧪 Exemplos Práticos

1. Duas Gerações (G2) com Segregação e Probanda

Markdown (pedtools G2)

Resultado da Renderização

Resultado pedtools G2 (Segregação e Probanda)

```pedtools
%% layout.width=95% layout.max_width=720pt cex=0.85 symbolsize=1.25 legend=c("Normal (M)","Normal (F)","Afetado (M)","Afetada (F)","Probanda") legend.type=c("sq_empty","circ_empty","sq_solid","circ_solid","proband")
id,pai,mae,sex,fenotipo,proband,label
1,0,0,M,wt,0,I-1 [Normal]
2,0,0,F,afetado,0,I-2 [Afetada]
3,1,2,M,het,0,II-1 [Portador]
4,1,2,F,afetado,1,II-2 [Afetada]
5,1,2,M,wt,0,II-3 [Normal]
```

2. Três Gerações (G3) com Múltiplos Casamentos e Heterozigotos

Markdown (pedtools G3)

Resultado da Renderização

Resultado pedtools G3 (Múltiplos Casamentos e Heterozigotos)

```pedtools
%% layout.width=98% layout.max_width=750pt cex=0.85 symbolsize=1.25 legend=c("Castanho Indet. (F)","Heterozigoto (M)","Heterozigota (F)","Olhos Claros (M)","Olhos Claros (F)","Probanda") legend.type=c("circ_empty","sq_half","circ_half","sq_solid","circ_solid","proband")
id,pai,mae,sex,fenotipo,proband,label
1,0,0,M,het,0,I-1 [Cast Bb]
2,0,0,F,afetado,0,I-2 [Az/Vd bb]
3,1,2,M,afetado,1,II-1 [Azul bb]
4,1,2,M,het,0,II-2 [Cast Bb]
5,1,2,F,het,0,II-3 [Cast Bb]
6,0,0,F,wt,0,II-4 [Cast B_]
7,0,0,F,afetado,0,II-5 [Verde bb]
8,0,0,F,het,0,II-6 [Cast Bb]
9,0,0,F,afetado,0,II-7 [Verde bb]
10,3,6,F,het,0,III-1 [Cast Bb]
11,3,7,M,afetado,0,III-2 [Azul bb]
12,3,8,F,afetado,0,III-3 [Azul bb]
13,4,9,F,het,0,III-4 [Cast Bb]
```

3. Cinco Gerações (G5) Profundas com Escala Compacta

Markdown (pedtools G5)

Resultado da Renderização

Resultado pedtools G5 (Linhagem Profunda)

```pedtools
%% layout.width=95% layout.max_width=720pt cex=0.85 symbolsize=1.25 legend=c("Normal (M)","Normal (F)","Heterozigoto (M)","Heterozigota (F)","Afetado (M)","Probanda") legend.type=c("sq_empty","circ_empty","sq_half","circ_half","sq_solid","proband")
id,pai,mae,sex,fenotipo,proband,label
1,0,0,M,wt,0,I-1 [Normal]
2,0,0,F,afetado,0,I-2 [Afetada]
3,1,2,M,het,0,II-1 [Portador]
4,0,0,F,wt,0,II-2 [Normal]
5,1,2,F,het,0,II-3 [Portadora]
6,3,4,M,het,0,III-1 [Portador]
7,0,0,F,wt,0,III-2 [Normal]
8,3,4,F,wt,0,III-3 [Normal]
9,6,7,M,het,0,IV-1 [Portador]
10,0,0,F,wt,0,IV-2 [Normal]
11,6,7,F,wt,0,IV-3 [Normal]
12,9,10,M,afetado,1,V-1 [Afetado]
13,9,10,F,het,0,V-2 [Portadora]
```